Już w grudniu 1939 roku kolekcje zgromadzone na KUL padły upem Niemców i do dziś są uważane za zaginione.

Osobą bezpośrednio odpowiedzialną za "zabezpieczenie" zbiorów  był dr Joseph Mühlmann. Świadkami tych wydarzeń byli dwaj pracownicy gospodarczy KUL - intendent Jerzy Stupnicki i woźny Władysław Dębski.

Okoliczności plądrowania uniwersytetu odsłania protokół z przesłuchania świadka z 1947 roku, w którym czytamy, że Niemcy prócz zarekwirowania zbiorów zniszczyli salę senacką i kancelarię z urządzeniami, portretami i sztychami, a także apartament rektorski unosząc co się dało. Znikły Wilki Wywiórkowskiego z salonu rektora i szereg innych obrazów.

Niemcy złożyli zbiory prawdopodobnie w Muzeum Lubelskim przy ulicy Narutowicza, nad którym mieli pieczę. Tam obok innych leżały do czasu aż ktoś ich nie zniszczył lub zarekwirował do dekoracji niemieckich urzędów, mieszkań Niemców czy po prostu rozdał w prezencie.

Na specjalnej wystawie poświęconej przedwojennemu muzeum KUL dowiadujemy się o historii powstania muzeum. Założył je w 1932 roku ks. Jan Władziński rektor kościoła powizytkowskiego przekazując notarialnie uniwersytetowi własne zbiory muzealne.

Z najstarszej relacji dowiadujemy się, że darowizna obejmowała: 2 sekretarki, 2 szafy gdańskie, bardzo ładny stół gdański, 9 zegarów, kilkanaście obrazów, zbiór tkanin i aparatów kościelnych, kilkanaście sztuk porcelany saskiej, belwederskiej i koreckiej, kilka srebrnych przedmiotów stołowych, kilkanaście sztuk starej zbroi, rękopisy i stare druki oraz różne muzealne drobiazgi.

Czy wszystko przepadło na zawsze? - pyta wystawa i przypomina o utraconych zbiorach. Może jeszcze gdzieś odnajdą się dawne eksponaty i powrócą do właściciela? Szanse wydają się mizerne, ale nigdy nic nie wiadomo.

Wystawę poświęconą utraconym zbiorom można oglądać na KUL do niedzieli w gmachu głównym.