Urodził się 18 lutego 1934 r. w Borysławiu. Święcenia kapłańskie przyjął 22 grudnia 1956 r.

Przez długie lata był wykładowcą historii Kościoła w lubelskim seminarium. Jego wykładów słuchały pokolenia kleryków.

Słynął z zamiłowania do Kościoła oraz polskiej kultury i tradycji oraz punktualności. Należał do grona wyróżniających się profesorów w seminarium.

Przez wiele lat kierował Katedrą Historii Kościoła w Średniowieczu na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim oraz Instytutem Historii Kościoła KUL.

Ks. Marek Zahajkiewicz pracę naukową w Instytucie Historii Kościoła KUL rozpoczął w 1965 roku. - Dwa lata później uzyskał doktorat, w roku 1977 habilitację, w 1992 tytuł profesora. Jego zainteresowania naukowe koncentrowały się wokół zagadnień z zakresu dziejów wewnętrznych kościoła w średniowieczu, działalności duszpasterskiej, życia liturgicznego, rozwoju średniowiecznej teologii, misyjnej działalności Kościoła i tendencji związanych z jego reformą.

Ks. Profesor był członkiem Komisji Episkopatu Polski ds. Sztuki Kościelnej, kierownikiem Katedry Historii Kościoła w Średniowieczu oraz Instytutu Historii Kościoła KUL, a w latach 1985-2006 dyrektorem Ośrodka Archiwów, Bibliotek i Muzeów Kościelnych.