Kiedy wydawało się, że przed ks. Franciszkiem Blachnickim zamykają się wszystkie drzwi z powodu jego działalności na Śląsku, pojawiła się możliwość wyjazdu do Lublina. W 1961 roku ks. Franciszek znalazł się na KUL.

W kościele był to czas Soboru Watykańskiego II i wielkich zmian związanych z liturgią. Ksiądz Blachnicki był zafascynowany tym, co wprowadzał sobór. Chciał jak najszybciej przekładać jego zalecenia na język praktyczny. To on jako jeden z pierwszych wprowadzał w Lublinie liturgię posoborową w kościele akademickim KUL. W 1967 roku został też krajowym duszpasterzem służby liturgicznej.