Ignacy chciał był księdzem. Ojciec często opowiadał mu różne historie, wśród których była taka o brewiarzu odmawianym przez księdza proboszcza. Fascynowała chłopca i prosił ojca, by powtarzał ją wielokrotnie. Gdy którejś niedzieli pojechał z matką do kościoła i zobaczył księdza proboszcza z brewiarzem w ręku, pomyślał, że on też chciałby tak się modlić i służyć innym. Nie miał więc wątpliwości, jaką drogę ma obrać, skończywszy gimnazjum. Lubelskie seminarium przyjęło chłopca. Wychowawcy i nauczyciele zadowoleni z jego postawy i wiedzy, postanowili wysłać go na dalsze studia teologiczne do Petersburga. Po czterech latach nauki uzyskał tytuł magistra.

Powróciwszy do Lublina, przyjął święcenia kapłańskie 5 lipca 1891 roku. Zaraz też otrzymał nominację na wikariusza w parafii Nawrócenia św. Pawła. Jednocześnie miał prowadzić wykłady dla kleryków w seminarium. Po roku pracy w tej parafii, biskup przeniósł go do pracy w lubelskiej katedrze. Obowiązków było dużo, gdyż parafia ta obejmowała większą część miasta. I choć w tamtych czasach posługa księdza polegała przede wszystkim na sprawowaniu Mszy św., ks. Ignacy miał pełne ręce roboty. W Lublinie powszechnie panowała bieda, co nie dawało mu spokoju. Zaczął współpracować z Towarzystwem Dobroczynności, które prowadziło domy starców, sierocińce i ochronki dla dzieci. To mu jednak nie wystarczało. Wpadł na pomysł, by założyć Dom Zarobkowy. Była to instytucja o charakterze dobroczynnym, która dawała pracę osobom starszym, chorym czy kalekim. Tacy ludzie nie mieli szans na zatrudnienie w innych instytucjach.

W 1896 roku postanowił zorganizować Przytułek św. Antoniego, który miał otoczyć opieką upadłe kobiety. Staraniem księdza Kłopotowskiego kilka zgromadzeń zakonnych podjęło pracę w Lublinie. Łączyło się to z jego nowymi projektami. W 1897 r. sprowadził do miasta zakonnice ze Zgromadzenia Sióstr Służek Niepokalanej. Prowadziły one jadalnię i sklep spożywczy przy ulicy Bernardyńskiej. Felicjanki zaprosił do pracy w sierocińcach. Obsługę Przytułku św. Antoniego powierzył tercjarkom z Płocka. Współpracował z wieloma zgromadzeniami, prosząc o pomoc w prowadzeniu ciągle nowych dzieł na rzecz potrzebujących.

„Wykład z historii Kościoła skończył się 5 minut wcześniej. Grupa kleryków wyskoczyła jak z procy prosto do refektarza. Ksiądz profesor Kłopotowski też się spieszył. Energicznie mocował się z kluczem w drzwiach swego mieszkania. Opasłe tomisko z Ojcami kapadockimi wcisnął z ulgą na najwyższą półkę. Do gdańskiej szafy z amorkami zamknął dopiero co upieczoną togę profesorską. Rodzinny herb Pomian – z głową byka przebitą mieczem, ku zgorszeniu niektórych, zdjął ze ściany i schował w szufladzie między chusteczkami. Nucąc »krakowiaka« zjechał wesoło po poręczy pierwszego piętra. Na podwórku stał już pomalowany zielonym papuzim kolorem wózek na dwóch kółkach. Na długiej chwiejnej tyczce umieścił już wczoraj przeraźliwie kolorowy napis: »Oddajcie nam, co zbywa wam«. Ujął ręką dyszel i wyciągnął na ulicę. Przez cztery lata widziano ten wózek na ulicach Lublina – to profesor historii ks. Kłopotowski żebrał na chleb dla swoich ubogich” – spisała wspomnienia s. Alfonsa Baran.

Oprócz pracy z ubogimi wiele pisał i publikował. „Prasa katolicka jak misjonarz pracuje” – napisał ks. Kłopotowski w „Informatorze Kapłańskim” wydanym w przededniu wybuchu I wojny światowej. „Lud taką weźmie gazetę i książkę, jaką my kapłani podamy mu do ręki” – podkreślał. Swoją działalność piśmienniczą zaczął w 1896 roku, publikując książkę pt. „Nawiedzenie Najświętszego Sakramentu”. Potem były kolejne. Ich tematem była praca duszpasterska i dzieła dobroczynne. W 1901 roku założył w Lublinie tygodnik katolicki „Praca”, a w 1905 roku przystąpił do organizowania własnej drukarni „Polak – katolik”, której spadkobiercą dziś jest Wydawnictwo Archidiecezji Lubelskiej Gaudium. Wychodząc z założenia, że dobra prasa i książka są pomocą księdza w docieraniu do ludzi, wydawał coraz to nowe tytuły oraz zakładał kolejne tygodniki „Posiew” i „Dobra służąca” oraz dziennik „Polak katolik”. Zatrudniał 40 osób. Otworzył też własną księgarnię, która sprzedawała książki nie tylko w Lublinie, ale także wysyłkowo. Jednocześnie dojrzewała w nim myśl, by czasowo przenieść redakcję gazet i swoją posługę do Warszawy. Miał nadzieję, że stamtąd będzie większa siła oddziaływania niż z Lublina. Wyjeżdżając, myślał, że to tylko na jakiś czas. Jednak na stałe do Lublina nigdy nie wrócił.