Jeżeli wykluczy się Boga z uniwersytetu, to uniwersytet oddaje to, co dla niego najcenniejsze w nieodpowiednie ręce - mówił ks. prof. Krzysztof Góźdź, przywołując scenę z "Krótkiej opowieści o Antychryście" Sołowiowa, w której diabeł otrzymał honorowy tytuł doktora teologii na uniwersytecie w Tybindze.
Ks. prof. Janeczek zwrócił uwagę, że dokument papieski omawiając kwestie specyfiki badań naukowych, które powinny być prowadzone na uniwersytecie katolickim wskazuje, że powinny one obejmować: dążenie do integracji wiedzy, dialog pomiędzy wiarą a rozumem, troskę o etyczny wymiar nauki, perspektywę teologiczną. Integracja ludzkiej wiedzy musi uwzględniać obowiązek poszanowania specyfiki poszczególnych dyscyplin naukowych, a to nie musi wykluczać budowania syntezy wyższego rzędu, bo tylko synteza może zaspokoić pragnienie prawdy. – Ostatecznie fundamentalnym zadaniem każdego uniwersytetu jest dążenie do prawdy, integralnie pojętej prawdy – podkreślał filozof. Integracja wiedzy zdaniem ks. prof. Janeczka, wpisuje się w dialog kulturowy, między religiami i światopoglądami. Szczególnym miejscem prowadzenia dialogu jest uniwersytet katolicki, zgłębiający tajemnicę człowieka i świata, dzięki korzystaniu z dziedzictwa przeszłości, którego szczególnym elementem jest objawienie.
Zwrócił przy tym uwagę, że obecnie mamy do czynienia z pewnego rodzaju zagrożeniami w związku z faktem, że naukę pojmuje się jako redukcjonistycznie zorientowany naturalizm. Na piedestał zatem stawia się naukę w rozumieniu science – odmawiając możliwości poznaniu filozoficznemu, nie mówiąc już o religijnym. Kolejnym zagrożeniem jest według niego zjawisko rozdzielenia wiedzy i wiary. – Wykluczenie wiary w Boga, zachwiało jednak paradoksalnie pozycją rozumu. Szerzą się różnego rodzaju zjawiska jak ezoteryzmy, parareligie, wiara w zabobony i wróżby. By ustrzec się agnostycyzmu, który prowadzi często do gnostycyzmu – być może należy korzystać z zachęty Benedykta XVI by „poszerzyć granice racjonalności”. Dla mnie ten postulat to uprawomocnienie różnych jej typów, szczególnie by wyjść poza getto scjentystyczne, a wiec poza pole naturalistycznie pojętej nauki, by można było filozofować w obrębie nauki i ujmować w tym kontekście kwestie na styku: nauka, filozofia, religia. Ale to wymaga filozofii jako poszukiwania mądrości. Dominująca dziś filozofia sprzężona z naturalizmem, nie wyraża pełnego rozumu człowieka, ale tylko jego część. W związku z tym okaleczeniem rozumu – nie można takiej filozofii uznawać jako całkowicie rozumną – mówił. Przypomniał słowa komentarza J. Ratzingera do „Fides et ratio”: „Rozum bez wiary narażony jest na wyjałowienie. Jednocześnie wiara bez rozumu ginie”.
Filozof podkreślił, że uniwersytet katolicki może być dobrym uniwersytetem w świecie gdzie dominuje naturalizm. Zauważył, że jest on paradygmatyczny i może być wzorem dla innych uniwersytetów, ale musi być jakościowo dobry. – Świat jest różny, nie wszyscy muszą podzielać nasze poglądy, mogą nas tolerować – ale to nie byłaby pełna obecność w świecie i kulturze, do czego wzywa nas Ewangelia - stwierdził. Dopiero pełnoprawna obecność gwarantuje uprawianie nauki w sposób wolny. – Trzeba pokazać, że będąc katolickim uniwersytetem możemy być uniwersytetem. Inaczej będą nas traktować jakbyśmy byli gettem – stwierdził w ramach dyskusji.
- Przypomniała mi się studentka z Rosji, która starając się o przyjęcie na KUL poprosiła mnie, abym zrobiła korektę jej tekstu. W odpowiedzi na pytanie, dlaczego wybiera tę uczelnię napisała: „Żeby spotkać tu Boga”. Gdy przeczytałam to uzasadnienie, zaskoczyło mnie to – opowiadała prof. Zofia Stępniewska z Wydziału Biotechnologii i Nauk o Środowisku. Przywołała również fakt istoty modlitwy w kluczowych momentach życia uniwersyteckiego, przywołując uniwersytet Radbouda w Nijmegen. Z kolei prof. Leszek Mądzik podzielił się swoją refleksją w oparciu o obserwację i przemyślenia nad zjawiskami zachodzącymi w świecie. – Misja uczelni to zanurzenie jej społeczności nie tylko w intelektualny poziom i encyklopedyczną wiedzę, ale szukanie odpowiedzi czym jest nasza obecność w różnych porach wieku „kreowanej rzeczywistości” – mówił, zwracając uwagę, że niebezpieczne jest dzisiaj przygotowanie studenta do zawodu bardziej niż do życia. A szukanie komfortu w organizacji zajęć i pracy sprawia, że Bóg staje się mniej widoczny. – Uczelnia nie może być fabryką dyplomów, zdobywanych tytułów czy prestiżowych punktów. Symbioza naukowca ze studentem to dialog, którego rezultatem będzie zbliżanie do prawdy. Przejaw katolicyzmu powinien być podparty nie tylko intelektualną wiedzą, ale i przykładem – podkreślał. W jego opinii presja świeckości tak kreuje rzeczywistość, aby nie mnożyć sobie dodatkowych pytań.