Muzeum Martyrologii „Pod Zegarem” otwarte zostało 40 lat temu dzięki staraniom Stowarzyszenia byłych Więźniów Politycznych Zamku Lubelskiego i Klubu „Pod Zegarem”. Jednym z celów organizacji było stworzenie instytucji upamiętniającej martyrologię więźniów z okresu okupacji niemieckiej. Miejsce, w którym powstało muzeum, w czasie II wojny światowej było aresztem gestapo, a następnie więzieniem NKWD.