Burzliwe dzieje Europy sprawiły, że w XVIII wieku Towarzystwo Jezusowe zostało zlikwidowane. W Lublinie ich kościół i klasztor oddano trynitarzom. Rozbiory Polski sprawiły, że kościelne instytucje podupadały. Austriacy w katedrze urządzili magazyn wojskowy, a kiedy po wojnach napoleońskich Lublin dostał się pod carskie panowanie, trynitarze nie zdołali udźwignąć utrzymania i remontu zabudowań. Kiedy w 1805 roku powstała diecezja lubelska, trzeba było znaleźć kościół na katedrę. Zdecydowano o przejęciu dawnej świątyni jezuickiej, przeprowadzając w  niej remont. Biskupem lubelskim był wówczas ks. Józef Dzięcielski. Zdecydował on o wyburzeniu dwóch skrzydeł budynków stojących przed katedrą tworząc obszerny plac. Kolejne ciężkie chwile katedra przeżyła podczas II wojny światowej, kiedy to znacznie ucierpiała podczas bombardowania. – Po wojnie udało się zniszczenia odbudować, ale nie remontowano tego, co ocalało. Dlatego wnętrze świątyni wymagało gruntownego odnowienia, o którym zdecydował abp Józef Życiński. Wiele prac udało się wykonać pod jego czujnym okiem, a kiedy odszedł, pieczę nad dalszymi pracami objął abp Stanisław Budzik. Wszystko, co udało się nam zrobić, to zasługa wielu ludzi, instytucji i firm, którym bardzo dziękuję – podkreśla proboszcz katedry.