W mrocznym okresie wojny dr Winowski musiał się imać różnych prac zarobkowych. "Po wkroczeniu Niemców do Lwowa pracowałem jako pomocnik magazyniera w prywatnej firmie kosmetycznej", napisał w uczelnianym kwestionariuszu osobowym.
"Pomocnik magazyniera"
W mrocznym okresie wojny dr Winowski musiał się imać różnych prac zarobkowych. "Po wkroczeniu Niemców do Lwowa pracowałem jako pomocnik magazyniera w prywatnej firmie kosmetycznej", napisał w uczelnianym kwestionariuszu osobowym. Profesją, którą wymienił jako kolejne zajęcie była „(…) pomocnicza siła rachunkowa w miejskim zarządzie nieruchomości”.
Podejmowanie dorywczych prac zarobkowych stało się tym bardziej konieczne, że w październiku 1941 r. poślubił urodzoną w Bregens (Austria) koleżankę ze studiów, Janinę (z domu Tinz). Z tego związku na świat przyszło dwoje dzieci. Niedługo po zawarciu małżeństwa młody uczony został aresztowany przez policję niemiecką (Gestapo) i osadzany w więzieniu przy ul. Łąckiego we Lwowie. Mimo wydania na niego wyroku śmierci, został zwolniony z aresztu po trzech miesiącach. W tym samym czasie spotkało go inne nieszczęście; jego mieszkanie poddano rewizji i skonfiskowano zbierane przez kilka lat materiały naukowe, w tym do przygotowywanych monografii: „Rozwój historyczny pojęcia tolerancji ze szczególnym uwzględnieniem Polski” i „Historia kościelna Ormian w Polsce”. Rekwizycja dokumentów i rękopisów stanowiła niepowetowaną stratę dla polskiej nauki. Doktor Winowski nigdy już nie podjął pomysłu odtworzeniem utraconego dorobku. Szczęśliwie udało mu się ocalić duplikat pracy "Stosunek chrześcijaństwa pierwszych, który w czasie przeszukania był zdeponowany poza mieszkaniem objętym rewizją. wieków".
Mimo przeciwności, biedy, przemocy i okupacyjnego terroru nie tracił ducha ani zapału do pracy naukowej, nie tracił także kontaktu ze swoim Uniwersytetem. Po opuszczeniu więzienia rozpoczął współpracę z działającym w podziemiu Instytutem Bałtyckim. Jego zadaniem było gromadzenie materiałów dotyczących historii Warmii i Mazur. Świadczyło to – jak stwierdził po latach prof. Kazimierz Orzechowski, historyk państwa i prawa – o „autentycznym i stosunkowo wczesnym zainteresowaniu obszarami, które po 1945 r. zwano ziemiami odzyskanymi, później zaś zachodnimi i północnymi. Można by w tym widzieć zaczątki motywacji, które w następnych latach doprowadziły Profesora [Leszka Winowskiego - ad] do Wrocławia i związały go z nim do końca”.
„Dalszy pobyt we Lwowie stał się niemożliwy„
Wskutek narastającego zagrożenia dr Leszek Winowski zdecydował się opuścić miasto na Pełtwią. „W maju 1944 r. dalszy pobyt we Lwowie stał się dla mnie niemożliwy, wyjechałem więc do Krosna […], dokąd już uprzednio wysłałem żonę i dziecko”, czytamy w jego curriculum vitae. Po zajęciu miasta przez Armię Czerwoną krótko pracował jako fotograf. Pod koniec 1945 roku został zatrudniony na Wydziale Prawa na Uniwersytecie Wrocławskim. Podjął także zajęcia w Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Może się wydawać mało realne, a nawet niezbyt zrozumiałe, aby ówcześnie, zaraz po wojnie, istniała możliwość godzenia dydaktyki i badań naukowych na uczelniach oddalonych od siebie o przeszło pół tysiąca kilometrów. Ale tak się stało. Angaż we Wrocławiu miał być jedynie krótkotrwałym epizodem; pierwotnie etat miał uzyskać prof. Leon Halban. Jednak z nieznanych przyczyn na krótkie zastępstwo wskazał swojego wychowanka, znanego już w środowisku naukowym, Leszka Winowskiego. Kiedy Halban ostatecznie odrzucił ponowioną przez uniwersytet propozycję pracy, Winowski postanowił na stałe związać się z Wrocławiem.
Jako pracownik Uniwersytetu Wrocławskiego (od 1952 roku imienia Bolesława Bieruta), nie miał łatwego życia, ponieważ jego osoba budziły niepokój i różne obiekcje uniwersyteckiej organizacji partyjnej. W podejmowanych badaniach historyczno-prawnych, sumiennie wykorzystując źródła konsekwentnie nie posługiwał się, po II wojnie światowej nachalnie narzucaną w nauce, metodą materializmu historycznego. Solą w oku władz było równoległe zatrudnienie na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim i nieskrywanie wyznawany światopogląd chrześcijański. Podczas I Ogólnopolskiej Konferencji Historyków Prawa, która odbyła się w 1950 r. w Toruniu, jego wykłady z zakresu prawa wyznaniowego osobiście skrytykował Henryk Świątkowski, ówczesny minister sprawiedliwości i wysokiej rangi dygnitarz partyjny zarazem. Praca na katolickiej uczelni okazała się także przyczyną wielu przeszkód na drodze do uzyskania awansu. Wszczęte w 1966 r. na Wydziale Prawa Uniwersytetu Wrocławskiego postępowanie w sprawie nadania mu tytułu profesora zwyczajnego trwało aż osiem lat (!).
"(…) odznacza się wielką lojalnością i poczuciem honoru"
Okres końca działań wojennych był także czasem organizowania na nowo kadry naukowej na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Ówczesny dziekan Wydziału Prawa i Nauk Społeczno-Ekonomicznych, prof. Zdzisław Papierkowski zaproponował angaż dobrze zapowiadającemu się pracownikowi naukowemu ze Lwowa. Szła za nim przychylna opinia i świetne referencje: „Znając dra Winowskiego jak i całą jego rodzinę od lat i współpracując z nim ściśle, mogę bezwzględnie stwierdzić, ze poza wrodzonym zapałem do pracy pedagogicznej i rzetelnych inklinacjach naukowych odznacza się wielkością i poczuciem honoru, napisał Leon Halban w piśmie do dziekana. W rezultacie prowadząc zajęcia dydaktyczne i naukowe we Wrocławiu, Winowski równocześnie podjął pracę w Lublinie. Rozpoczął wykłady z prawa rzymskiego oraz państwowego prawa wyznaniowego. Opuszczając Lwów wraz z rodziną pod koniec wojny i udając się w nieznane, wraz ze skrobanym dobytkiem możliwym do przewiezienia, zabrał ze sobą rękopis rozprawy pt. „Stosunek chrześcijaństwa pierwszych wieków do wojny i służby wojskowej”. Założenia tej pracy Winowski zdążył przedstawić wiosną 1939 r. na posiedzeniu Sekcji Prawno-Historycznej Lwowskiego Towarzystwa Naukowego. Przyjęta pozytywnie rozprawa została skierowana do druku, jednak wybuch wojny udaremnił jej publikację. Wydana została dopiero w 1947 roku staraniem Towarzystwa Naukowego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Cudem uratowana praca stała się podstawą do uzyskania na tej uczelni habilitacji. Przeprowadzenie habilitacji otworzyło mu szersze możliwości działania; w 1952 r. został wybrany na stanowisko Wydziału Prawa Kanonicznego. I mimo, że pod koniec lat pięćdziesiątych formalnie zakończył pracę na KUL niezmienne służył swoją wiedzą i doświadczeniem lubelskiej Alma Mater. Ostatnim wypromowanym w 1963 roku doktorem profesora był ks. Piotr Hemperek, późniejszy biskup pomocniczy lubelski i rektor KUL.
"Zakończyła się (…) era Abrahama"
Profesor Leszek Winowski zmarł w 1979 roku. Jako akademik pracował w ramach rożnych systemów szkolnictwa wyższego, swoją karierę rozpoczynał w II Rzeczypospolitej, badania kontynuował w okresie okupacji niemieckiej, jako profesor funkcjonował w realiach PRL. W literaturze przyjęto, że data jego śmierci stanowi symboliczny koniec tzw. Szkoły Abrahama. ,,Wraz z nim zakończyło się coś ważnego w polskiej kanonistyce […] jest ostatnim z grona tych adeptów prawa kanonicznego, których osobiście kształtował wielki Władysław Abraham” (J. Dudziak, Profesor Leszek Winowski, „Roczniki Teologiczno-Kanoniczne”, t. 5 (1981). Dominującą cechą jego osobowości było zamiłowanie do nauki; niezmiennie i niezależnie od przeciwności, pozostał jej wierny.