Zmarł nagle 27 lutego 1987 roku w Carlsbergu w Niemczech, gdzie osiadł po tym, jak w Polsce wprowadzono stan wojenny i nie mógł wrócić do kraju. Nagłe odejście ks. Franciszka Blachnickiego budzi wiele wątpliwości – do tego stopnia, że sprawę bada Instytut Pamięci Narodowej, podejrzewając, że kapłan został zamordowany. Mimo upływu lat zaproponowana przez niego metoda formacji młodych ludzi i małżonków, w ramach Ruchu Światło–Życie pociąga kolejne pokolenia.