Jan Paweł II modlił się 9 czerwca 1987 r. w katedrze lubelskiej przed obrazem Matki Bożej Płaczącej. Spotkał się także ze społecznością Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, na którym przez 24 lata prowadził wykłady. Powiedział wtedy m.in.: „Rola, atrakcyjność katolickiego uniwersytetu wiąże się z nadzieją, że tu znajdzie się prawdziwa wspólnota łącząca profesorów, pracowników administracyjnych i fizycznych, wspólnota studentów - świadectwo żywego chrześcijaństwa, że autentyczna katolicka rodzina uniwersytecka jest miejscem nie tylko »prawdy naukowej«, ale i »prawdy życia« przez przełamywanie różnych form słabości i zła, różnych form przeczenia prawdzie w życiu osobistym, we wzajemnym odnoszeniu się do innych, jak i w powierzchowności badań, lub podejmowaniu przedmiotów dociekań nie według kryteriów poszukiwania prawdy, ale wedle pozanaukowych motywów koniunkturalnych”.

Także na KUL podkreślał: „Uniwersytet z natury swej służy przyszłości człowieka i narodu. Jego zadaniem jest stale wywoływać sprawę tej przyszłości w świadomości społecznej. Wywoływać w sposób niestrudzony, nieustępliwy”. Na ludziach nauki spoczywa obowiązek odpowiedzialności „za ostateczny wynik tego dziejowego procesu w tym miejscu Europy! I świata! [...] w miejscu trudnego wyzwania”.

Kolejnym punktem pobytu w Lublinie była Msza św. na lubelskich Czubach, obok placu budowy kościoła św. Rodziny. Według szacunków zgromadził się tam milion wiernych. Podczas liturgii Jan Paweł II udzielił święceń prezbiteratu.

Papież odwiedził także dawny obóz koncentracyjny i zagłady założony przez austriackich i niemieckich nazistów na Majdanku. Wzywał, aby miejsce to, „stygmat straszliwego doświadczenia ludów” - było przestrogą dla kolejnych pokoleń.

Jak podaje Leksykon Teatru NN: "Przed wizytą papieża w Lublinie zostało aresztowanych jedenaście osób zaangażowanych w działalność opozycyjną, którym postawiono zarzuty przygotowywania ataku terrorystycznego. Ponadto milicja i służby bezpieczeństwa sprawdzały dokumenty pielgrzymom, nie pozwalały zbliżać się do trasy przejazdu, odbierały transparenty i dekoracje. Mieszkańcy Lublina podążyli za Janem Pawłem II do Gdańska, gdzie obecność członków opozycji w trakcie wizyty papieża była bardziej widoczna".