Oprócz pracy z ubogimi wiele pisał i publikował. „Prasa katolicka jak misjonarz pracuje” – napisał ks. Kłopotowski w „Informatorze Kapłańskim” wydanym w przededniu wybuchu I wojny światowej. „Lud taką weźmie gazetę i książkę, jaką my kapłani podamy mu do ręki” – podkreślał. Swoją działalność piśmienniczą zaczął w 1896 roku, publikując książkę pt. „Nawiedzenie Najświętszego Sakramentu”. Potem były kolejne. Ich tematem była praca duszpasterska i dzieła dobroczynne. W 1901 roku założył w Lublinie tygodnik katolicki „Praca”, a w 1905 roku przystąpił do organizowania własnej drukarni „Polak – katolik”, której spadkobiercą dziś jest Wydawnictwo Archidiecezji Lubelskiej Gaudium. Wychodząc z założenia, że dobra prasa i książka są pomocą księdza w docieraniu do ludzi, wydawał coraz to nowe tytuły oraz zakładał kolejne tygodniki „Posiew” i „Dobra służąca” oraz dziennik „Polak katolik”. Zatrudniał 40 osób. Otworzył też własną księgarnię, która sprzedawała książki nie tylko w Lublinie, ale także wysyłkowo. Jednocześnie dojrzewała w nim myśl, by czasowo przenieść redakcję gazet i swoją posługę do Warszawy. Miał nadzieję, że stamtąd będzie większa siła oddziaływania niż z Lublina. Wyjeżdżając, myślał, że to tylko na jakiś czas. Jednak na stałe do Lublina nigdy nie wrócił.