Choć początki szkoły sięgają czasów przedwojennych, to burzliwa historia Polski sprawiła, że szkoła powołana przez biskupa nie zawsze mogła działać. Zlikwidowana siłą przez komunistów, mogła odrodzić się 20 lat temu.
Obchody związane z dwudziestoleciem szkoły są zaplanowane na 18 września, w Dniu Patrona szkoły. Rozpoczną się od Mszy św. w Archikatedrze Lubelskiej pod przewodnictwem ks. arcybiskupa Stanisława Budzika, zaś dalsza część uroczystości odbędzie się w budynku szkoły. Szczegółowe informacje są dostępne na stronie internetowej szkoły.
Początki naszej szkoły datują się na rok 1923, kiedy biskup Marian Fulman założył Gimnazjum Biskupie jako prywatną średnią szkołę katolicką dla młodzieży męskiej. Początkowo szkoła mieściła się w budynku Seminarium Duchownego przy ul. Zamojskiej 6. 30 czerwca 1927 r. został poświęcony kamień węgielny pod budowę nowej siedziby szkoły na terenie placu kościelnego na Czwartku. Prace przy wznoszeniu obiektu o powierzchni 6 tys. m2 trwały 7 lat i były finansowane z datków zbieranych w całej diecezji lubelskiej. W latach 1933-1934 dyrektorem Gimnazjum Biskupiego był ksiądz Kazimierz Gostyński, który w 1999 został ogłoszony błogosławionym przez Jana Pawła II.
W 1935 r. dyrektorem szkoły został ks. Michał Słowikowski, który położył wielkie zasługi dla rozwoju Biskupiaka. W 1939 r. Niemcy aresztowali dyrektora i nauczycieli, a szkołę zamienili w koszary wojskowe. Po wkroczeniu wojsk sowieckich mieścił się w niej szpital wojskowy.
Liceum Biskupie i jego uczniów dotknęły represje komunistyczne m.in. nie były honorowane świadectwa maturalne absolwentów. W takich warunkach zajęcia odbywały się do 1962 r. W czerwcu 1962 r. kurator chciał zamknąć szkołę, ale dzięki protestom Kościoła i rodziców udało się temu zapobiec. Niestety 24 lipca 1962 r. pod nieobecność rodziców i uczniów milicja wraz z likwidatorami z kuratorium siłą zajęła budynek. Po odrzuceniu przez ks. Słowikowskiego decyzji o likwidacji szkoły, w budynku wymieniono zamki, a klucze przekazano dyrektorowi szkół pedagogicznych. Biskupiak przestał istnieć na ponad 30 lat.
Szkoła w całej swej historii wykształciła ponad 200 kapłanów, pięciu biskupów: ś.p.Józefa Drzazgę (biskupa diecezji warmińskiej), Zygmunta Kamińskiego (arcybiskupa diecezji szczecińsko-kamieńskiej), Ryszarda Karpińskiego (biskupa pomocniczego archidiecezji lubelskiej), Antoniego Pacyfika Dydycza (biskupa diecezji drohiczyńskiej) oraz Stanisława Wielgusa (arcybiskupa metropolitę warszawskiego), wielu lekarzy, sędziów, prokuratorów, pracowników nauki i oświaty. We wrześniu 1993 r. abp Bolesław Pylak reaktywował szkołę pod nazwą XXI Liceum Ogólnokształcące im. św. Stanisława Kostki.
W kolejnym "Gościu Niedzielnym" ukaże się wywiad z obecnym dyrektorem szkoły ks. Grzegorzem Strugiem.