Publikacja wydawana przez Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II i Towarzystwo Naukowe KUL została uhonorowana medalem "Zasłużony dla Tolerancji", przyznawanym przez Fundację Ekumeniczną "Tolerancja".
W uzasadnieniu podkreślono, że nagroda została przyznana za "wkład w dzieło krzewienia idei tolerancji we współczesnym świecie", w szczególności za "ukazanie Kościoła Katolickiego i innych wyznań chrześcijańskich Katolikom i Społecznościom na terenie Rosji i innych Państw".
Wyróżnienie to przyznawane jest osobom oraz instytucjom szczególnie zasłużonym w działalności na rzecz krzewienia ideałów tolerancji i dialogu. To zaszczytne wyróżnienie Redakcja Encyklopedii Katolickiej i Katolicki Uniwersytet Lubelski otrzymały wspólnie z Redakcją Rosyjskiej Encyklopedii Katolickiej i Ojcami Franciszkanami w Moskwie, którzy wydają Encyklopedię Rosyjską. W imieniu Redakcji Encyklopedii Katolickiej nagrodę z rąk prof. dr hab. Karola Karskiego (przewodniczącego Rady Fundatorów Fundacji Ekumenicznej „Tolerancja") oraz Senatora RP Józefa Piniora (Przewodniczącego Rady Fundacji Ekumenicznej „Tolerancja”) odebrał redaktor naczelny dr Edward Gigilewicz.
Fundację Ekumeniczną „Tolerancja” założyła w roku 1993 grupa działaczy chrześcijańskich, którym bliska jest idea tolerancji. Przewodniczącym Rady Społecznej Fundacji przez wiele lat był zmarły w 2003 roku profesor Tadeusz Zieliński, były Rzecznik Praw Obywatelskich, zaś Radę Społeczną Fundacji tworzy grupa osób różnych wyznań, duchownych, naukowców, polityków i dziennikarzy. Od 1998 roku za szczególne działania w dziedzinie szerzenia idei tolerancji przyznaje medale „Zasłużony dla Tolerancji". Dotychczasowymi laureatami nagrody byli m.in. Jerzy Giedroyć, Jacek Kuroń, prof. Mikołaj Kozakiewicz, prof. Janusz Tazbir, ks. Roman Indrzejczyk, ks. Stanisław Musiał, prawosławny arcybiskup Hilarion i abp Henryk Muszyński.