Ignacy chciał był księdzem. Ojciec często opowiadał mu różne historie, wśród których była taka o brewiarzu odmawianym przez księdza proboszcza. Fascynowała chłopca i prosił ojca, by powtarzał ją wielokrotnie. Kiedy skończył gimnazjum, nie miał wątpliwości, że chce wstąpić do lubelskiego seminarium. Okazał się bardzo zdolnym uczniem i oddanym Bogu młodym człowiekiem. Obserwując jego postawę, wychowawcy zdecydowali wysłać go na dalsze studia teologiczne do Petersburga. Po czterech latach wrócił do Lublina, gdzie 5 lipca 1891 roku przyjął święcenia kapłańskie.

Ręce pełne pracy

Młody kapłan zaczął pracę w parafii Nawrócenia św. Pawła. Jednocześnie miał prowadzić wykłady dla kleryków w seminarium. Po roku biskup przeniósł go do pracy w lubelskiej katedrze. Obowiązków było dużo, gdyż parafia ta obejmowała większą część miasta. I choć w tamtych czasach posługa księdza polegała przede wszystkim na sprawowaniu Mszy św., ks. Ignacy miał pełne ręce roboty. W Lublinie powszechnie panowała bieda, co nie dawało mu spokoju. Zaczął współpracować z Towarzystwem Dobroczynności, które prowadziło domy starców, sierocińce i ochronki dla dzieci. To mu jednak nie wystarczało. Wpadł na pomysł, by założyć Dom Zarobkowy. Była to instytucja o charakterze dobroczynnym, która dawała pracę osobom starszym, chorym czy kalekim. Tacy ludzie nie mieli szans na zatrudnienie w innych instytucjach. W 1896 roku postanowił zorganizować Przytułek św. Antoniego, który miał otoczyć opieką upadłe kobiety. Staraniem księdza Kłopotowskiego kilka zgromadzeń zakonnych podjęło pracę w Lublinie. Łączyło się to z jego nowymi projektami. W 1897 r. sprowadził do miasta zakonnice ze Zgromadzenia Sióstr Służek Niepokalanej. Prowadziły one jadalnię i sklep spożywczy przy ulicy Bernardyńskiej. Felicjanki zaprosił do pracy w sierocińcach. Obsługę przytułku św. Antoniego powierzył tercjarkom z Płocka. Współpracował z wieloma zgromadzeniami, prosząc o pomoc w prowadzeniu ciągle nowych dzieł na rzecz potrzebujących. Mieszkańcom Lublina znany był przede wszystkim z wędrówek po mieście z wózkiem, który ciągnął za sobą. Na długiej tyczce umieścił przeraźliwie kolorowy napis: „Oddajcie nam, co zbywa wam”. I ludzie oddawali mu różne rzeczy, które on przekazywał ubogim.

Prasa katolicka to misjonarz

Rozumiał też, jakie znaczenie ma prasa katolicka. Pisał na ten temat w „Informatorze Kapłańskim”: „Prasa katolicka jak misjonarz pracuje. Lud taką weźmie gazetę i książkę, jaką my kapłani podamy mu do ręki”. Swoją działalność piśmienniczą zaczął w 1896 roku, publikując książkę pt. „Nawiedzenie Najświętszego Sakramentu”. Potem były kolejne. Ich tematem była praca duszpasterska i dzieła dobroczynne. W 1901 roku założył w Lublinie tygodnik katolicki „Praca”, a w 1905 roku przystąpił do organizowania własnej drukarni „Polak – katolik”, której spadkobiercą dziś jest Wydawnictwo Archidiecezji Lubelskiej „Gaudium”. Chcąc oddziaływaniem publikacji objąć jak najszerszą grupę, postanowił redakcję gazety przenieść do Warszawy. Wyjeżdżając, myślał, że to tylko na jakiś czas. Jednak na stałe do Lublina nigdy nie wrócił. W Warszawie przyszła mu myśl założenia nowego zgromadzenia zakonnego – sióstr loretanek. – Ciągle coś robił. Nie można siedzieć bezczynnie, gdy tyle biedy wokół nas – mówił i brał się za nowe dzieło. Był też człowiekiem wielkiego humoru. W jednym z listów do sióstr pisał: „Kupiliśmy dwa konie. Wspaniale ciągną, ale gdzie im do nas, którzy ciągniemy tak wspaniałe dzieła Boże”. Jednocześnie mówił o bardzo poważnych sprawach, a jego konferencje i kazania były przejmującym wołaniem o miłość do Boga i ludzi. W 10. rocznicę beatyfikacji ks. Ignacego Kłopotowskiego na KUL zorganizowano sesję naukową poświęconą tej postaci zatytułowaną „Świętość jest dostępna dla każdego człowieka”, której patronował „Gość Niedzielny”.