Msza św. została zorganizowana przez lubelską społeczność studencką i osoby związane bezpośrednio z ks. Janem Kaczkowskim. Odbyła się ona w kościele nawrócenia św. Pawła w Lublinie, w dzień pogrzebu księdza Kaczkowskiego.
Tysiące wiernych wzięły udział w uroczystościach pogrzebowych ks. Jana Kaczkowskiego, które odbyły się 1 kwietnia w Sopocie.
Tuż po 11.00 trumna z ciałem zmarłego kapłana została wystawiona w parafialnym kościele pw. św. Jerzego. Przez prawie godzinę zgromadzeni trwali tam w osobistej modlitwie.
O 12.00 rozpoczęła się Eucharystia sprawowana przez ponad 100 kapłanów. Modlitwie przewodniczył bp Wiesław Szlachetka - poinformował gdański "Gość Niedzielny".
Modlitwa za śp. ks. Jana Kaczkowskiego została zorganizowana tego samego dnia także w Lublinie, mieście z którym ks. Jana łączyło całkiem sporo. Tu przechodził badania i poważne zabiegi, był również gościem wielu konferencji i warsztatów.
Pamięta go duże grono studentów i absolwentów UM w Lublinie. Jak się okazuje, na Mszę św. przyszło wiele osób spoza środowiska medycznego, reprezentujących różne ośrodki uniwersyteckie i naukowe. Pomysł Mszy św. wyszedł od jednego z księży i Aleksandry Skublewskiej-D’Elia, uczestniczki Areopagów Etycznych.
Modlitwa za ks. Jana Kaczkowskiego odbyła się również w kościele Nawrócenia św. Pawła w Lublinie Madalena Gawron Mimo chłodu, jaki panował w kościele, serca zgromadzonych były rozgrzane gorliwą modlitwą dziękczynną za życie i osobę ks. Jana Kaczkowskiego.
Eucharystii przewodniczył ks. Rafał Pastwa, bioetyk i kierownik redakcji lubelskiego „Gościa”, który w homilii ciepłymi słowami pożegnał wspominał śp. ks. Jana.
- Uczeń Chrystusa ma być aktywny. Nie wolno nam teraz się poddać znużeniu i smutkowi, ale iść i łowić ryby, tak jak apostołowie po śmierci Mistrza. Tylko podczas wytężonej pracy, tylko wtedy, gdy tęsknimy i myślmy o zmartwychwstaniu - możemy spotkać Zmartwychwstałego, który jest Sensem wszystkiego. Wierzę, że Chrystus odkrył swą twarz przed ks. Janem, wiernym sługą, przyzwoitym człowiekiem i przyzwoitym księdzem - powiedział.
- Jan był autentyczny, twardy i wrażliwy. Pokazał tez ludzką, wrażliwą twarz księdza. Dzisiaj, gdy brakuje ks. Jana - mówił dalej ks. Rafał, trzeba sobie zadać pytanie - co ja mogę zrobić, aby kontynuować jego dzieło? Rozpoczyna się nowy Areopag - uczestniczyliście w tych poprzednich jako studenci, dzisiaj jako dojrzali ludzie możecie zrobić o wiele więcej.
Ks. Pastwa poprosił studentów i przedstawicieli różnych społeczności akademickich miasta o modlitwę za ks. Jana.
- Niech spotkanie z żyjącym Panem pozwoli nam udźwignąć to, co po Janie zostało - tymi słowami ks. Rafał zakończył naukę.