Dla Józefa było to doświadczenie szczególne z kilku powodów. Po pierwsze dlatego, że miał stanąć jako kapłan przy ołtarzu, gdzie był chrzczony i gdzie jego bliscy modlili się całe życie, także za niego, po drugie dlatego, że wracał w swe rodzinne strony po 13 latach nieobecności. Wyjechał stąd jako mały chłopiec, wrócił jako dorosły mężczyzna. Mszę prymicyjną odprawił w odpust św. Anny 26 lipca 1916 roku, przewodnicząc sumie, na której zebrała się cała parafia.

W maju 1930 roku o. Alfons Mazurek został przeorem klasztoru w Czernej. Obejmując przeorstwo był w sile wieku. Liczył 39 lat i miał duże doświadczenie życiowe. Stanął na czele licznej i zróżnicowanej wspólnoty, złożonej z 27 zakonników: 6 ojców, 11 braci, 2 kleryków i 8 nowicjuszy.

O. Alfons traktował wojnę jako czas przejściowy, wobec którego nie wolno kapitulować. Wojna zmierzała ku końcowi i mogło się wydawać, że najgorszy czas już ludzie mają za sobą. Okazało się jednak, że dla karmelitów wtedy nadszedł czas próby. Karmelici tak opisują ten czas: „Latem 1944 r. losy wojny przesądzały się coraz bardziej przeciwko Niemcom, zaczęli oni budować okopy na zachodniej granicy Generalnego Gubernatorstwa, przymuszając do pracy okoliczną ludność. Dla Czernej i okolicy szczególnie tragicznym dniem okazał się 28 sierpień. Zanim oddział SA przybył do klasztoru, zamordował kilka osób w najbliższej okolicy. Przed południem Niemcy zjawili się w klasztorze: przeprowadzili pobieżną rewizję, nakazali zakonnikom udać się do punktu zbornego w Czernej i krzyczeli, że nie odbędzie się bez kilku pogrzebów. Przeor, o. Alfons, którym okupanci interesowali się szczególnie, zachowywał spokój. Udał się na chwilę do kościoła przed ołtarz Matki Bożej Szkaplerznej, po czym szedł na czele kolumny swoich współbraci. Z punktu zbiorczego w Czernej prowadzono ich razem ze spędzonymi tam mieszkańcami wioski do Krzeszowic. Kolumnę eskortował samochód z żołnierzami. Po przemaszerowaniu sporego odcinka polecono o. Alfonsowi wsiąść do samochodu i odjechano razem z nim w kierunku Krzeszowic. Tam, na małej łące, nieco w bok od głównej drogi, dokonano się jego męczeństwo. Wypchnięto go – jak relacjonuje Anna Spytkowska, która obserwowała całą scenę z okna swojego domu – z samochodu i rozkazano iść przed siebie przez łąkę. Zachowywał spokój, w ręce trzymał różaniec, który odmawiał. Po chwili krzyknięto, by się odwrócił i zaczęto strzelać prosto w jego twarz. Gdy upadł, jeden z żołnierzy podbiegł do niego, kopnął go i wrzucał do jego ust ziemię z kretowiska. Niemcy nakazali następnie jednemu z gospodarzy odwieźć ciało zmarłego na cmentarz do Rudawy i pogrzebać je. I właśnie gdy furman jechał z zamordowanym, spotkał kolumnę zakonników, którzy poznali po zakonnych sandałach i karmelitańskim habicie swojego zmaltretowanego przeora. Jeden z nich, o. Walerian Ryszka, udzielił mu sakramentalnego rozgrzeszenia, bo jeszcze żył, choć był nieprzytomny. Inny współbrat, o. Hadrian Gut, wystarał się u Niemców o pozwolenie na pochowanie o. Alfonsa na cmentarzu zakonnym w Czernej”.

Pogrzeb męczennika odbył się nazajutrz, 29 sierpnia 1944 roku. Papież Jan Paweł II beatyfikował go wśród 107 męczenników II wojny światowej. To do tej pory jedyny święty urodzony na terenie lubartowskiej parafii.