Z ks. Franciszkiem były same problemy. Nie dość, że gromadziła się wokół niego młodzież, to jeszcze namawiał ludzi do trzeźwości. Tego było już za wiele.
Był rok 1960. UB przyszło nagle. Wyrzucili wszystkich z baraku w Katowicach, w którym mieszkały dziewczęta współpracujące z ks. Franciszkiem Blachnickim i w którym mieściła się Krucjata Wstrzemięźliwości. Zabrali dokumenty, powielacze, zaplombowali wejście do budynku. O trzeźwość miała dbać władza ludowa, a nie jakiś ksiądz, który w dodatku robi to skuteczniej niż cały komunistyczny aparat państwowy. Trzeba tę działalność przerwać, a jego samego aresztować. Tak się stało.
Jedna z anegdot o ks. Franciszku Blachnickim mówi, że kiedy został aresztowany przez UB za prowadzenie Krucjaty Wstrzemięźliwości, trafił do celi, w której był już jakiś więzień. Ks. Blachnicki pytał go: „Za co cię synu zamknęli?”, „Za wódkę” odpowiada więzień, na co Blachnicki: „nie martw się ja też za wódkę tu trafiłem”.
Aresztowany i osadzony w katowickim więzieniu, tym samym, w którym podczas wojny czekał na wykonanie wyroku śmierci zasądzonego przez Niemców, ks. Blachnicki nie traci wiary. W końcu wypuszczony na wolność ma zakaz działalności na terenie Śląska. Wtedy udaje się do Częstochowy do Matki Bożej, by modlić się o rozeznanie co dalej. Tam przychodzi mu do głowy myśl, że może by tak biskup zgodził się na studia na KUL w Lublinie. Byłaby to okazja, by opracować teoretycznie wizję Oazy Dzieci Bożych oraz Krucjaty Wstrzemięźliwości.
Ks. Blachnicki z oazowiczami przed domem na Sławinku (1972 rok).Biskup się zgodził i ks. Franciszek w 1961 roku rozpoczął studia. Paradoksalnie to dzięki trudnościom sprawianym mu przez ówczesne władze, znalazł się w miejscu, gdzie odegrał znaczącą rolę w posoborowej odnowie Kościoła. Zgodnie ze swoimi zainteresowaniami związał się nowo powstałą sekcją Teologii Pastoralnej. W charakterze ks. Franciszka nie leżało jednak zajmowanie się tylko jedną sprawą. Dobrze scharakteryzował go kiedyś bp Bednorz, który podczas jednej z rozmów z ks. Henrykiem Bolczykiem, także zaangażowanym w oazy, późniejszym następcą Blachnickiego zapytał go: „Jeździ ksiądz samochodem?”, „Jeżdżę” – odpowiedział ks. Henryk. „Tylko niech ksiądz hamulca używa, bo Blachnicki to ma zasadę ino gaz”.
Kiedy ks. Blachnicki przybył do Lublina, w Kościele był to czas Soboru Watykańskiego II i wielkich zmian związanych z liturgią. Ks. Franciszek był zafascynowany tym, co Sobór wprowadzał. Chciał jak najszybciej przekładać to na język praktyczny. Gromadzili się wokół niego inni kapłani, z którymi dyskutował i próbował działać. To on jako jeden z pierwszych wprowadzał w Lublinie liturgię posoborową w kościele akademickim KUL.
– Wystarczyło się rozejrzeć w ówczesnej szarej rzeczywistości w Polsce, by zrozumieć, że ten, który bardzo kochał Boga, kochał też człowieka i chciał pokazywać wszystkim dookoła radosną nowinę, że Jezus jest Panem i Zbawicielem każdego. W Lublinie więc narodził się pomysł zorganizowania Oazy Niepokalanej, czyli rekolekcji dla dziewcząt, a potem tu powstał pierwszy krąg Domowego Kościoła – mówi Zuzanna Podlewska, współpracująca z ks. Blachnickim.