O. Jacek Woroniecki w 1919 roku rozpoczął pracę na ówczesnym Uniwersytecie Lubelskim. W tym czasie zdobył powszechne i niekwestionowane uznanie studentów oraz pracowników lubelskiej uczelni.

Wykładał m.in. teologię moralną, etykę i pedagogikę. W roku akademickim 1921/22 był prodziekanem Wydziału Teologicznego, a w latach 1924/25 – 1928 dziekanem tegoż wydziału.

Po niespodziewanej śmierci założyciela uniwersytetu ks. Idziego Radziszewskiego, został w 1922 r. jego następcą na urzędzie rektora. Pełniąc tę funkcję, zabiegał o rozwój młodej uczelni, przyspieszył prace remontowe w nowej siedzibie uniwersytetu, przyczynił się także do powstania Towarzystwa Przyjaciół KUL.

W marcu 1924 roku, ze względu na pogarszający się stan zdrowia, o. Woroniecki złożył na ręce Episkopatu Polski dymisję ze stanowiska rektora, która została przyjęta. W roku akademickim 1928/29 pełnił funkcję prorektora uczelni.

W 1929 roku o. Woroniecki udał się na polecenie władz zakonnych do Rzymu, gdzie podjął wykłady w Collegium Angelicum.

Podczas pobytu w Lublinie był nadzwyczaj aktywny naukowo, opublikował wówczas blisko siedemdziesiąt prac, w tym kilka pozycji książkowych.