Jak rzadko kto zdawał sobie sprawę, że dominująca, tradycyjna koncepcja Boga nie da się już dzisiaj utrzymać w dotychczasowej postaci i trzeba ją zastąpić inną, o której sądził, że bliższa jest wizji ewangelicznej i że od samego początku była obecna w myśli chrześcijańskiej.
Nie będę mówił o Józefie Życińskim ani o zawartości ostatniej jego książki, ale postaram się przybliżyć podjęty w niej problem, który trafnie sygnalizują dwa terminy tytułowe: transcendencja i naturalizm. Mówiąc ogólnie, Józef Życiński podjął w niej fragment szerszego zagadnienia, wokół którego zorganizowana była jego praca naukowa, a mianowicie zagadnienia relacji między naukowym i religijnym obrazem świata. O tym, że takie właśnie było główne zagadnienie, jakim się zajmował, świadczy m.in. nazwa katedry, jaką stworzono dla niego na Wydziale Filozofii KUL: Katedra Relacji Między Nauką a Wiarą.
Jak wiadomo, między naukowym a religijnym obrazem świata istnieje wiele napięć, ale w ciągu ostatnich kilku wieków ten pierwszy obraz świata – naukowy – zdaje się stopniowo, ale zdecydowanie wypierać obraz religijny. Abp Józef Życiński czuł się, jak sądzę, odpowiedzialny, nie tylko na poziomie Kościoła polskiego, ale także Kościoła powszechnego za ukazywanie harmonii nauki i religii. To wymagało od niego pogłębionego filozoficznego spojrzenia na naukę, na jej osiągnięcia i ograniczenia oraz krytycznej refleksji nad religią.
Zgodnie z naukowym obrazem świata, rzeczywistość powstała i jest taka, jaka jest, dzięki prawom odkrywanym zwłaszcza przez nauki przyrodnicze: fizykę i biologię. A w ich obrębie celem jest odkrywanie przyczyn naturalnych, czyli przyrodniczych. Jeżeli nie można obecnie określić naturalnych przyczyn jakiegoś zjawiska, przyjmuje się, że uczyni to nauka przyszła. Na gruncie tej odmiany współczesnego naturalizmu (dawniej nazywano go materializmem), wyklucza się istnienie przyczyn nadnaturalnych. Czy da się to pogodzić z wiarą w Boga? I jaki musiałby to być Bóg? Najłatwiej radzi sobie z tym koncepcja panteistyczna i deistyczna. Zgodnie z pierwszą z nich, Bóg i świat to jedno i to samo. Gdy spoglądamy na rzeczywistość z perspektywy wielości rzeczy, mówimy „świat”, a gdy spoglądamy na nią z perspektywy jedności, możemy użyć słowa „Bóg”. Jednak w tradycji judeochrześcijańskiej Bóg nie jest tożsamy ze światem. On go transcenduje, czyli przekracza, choćby przez to, że jest jego stwórcą. Cechę transcendowania (przekraczania) świata uważano za tak istotną, że z biegiem czasu słowo „Bóg” utożsamiono ze słowem Transcendencja (pisanym wielką literą), a poszukiwanie oznak Boga w świecie rozumiano jako wskazywanie tego wszystkiego, co świat przyrodniczy przekracza: obiektywnych wartości, ideałów itd.