Jesienią 1901 roku Idzi Radziszewski powrócił i od razu skierowano go do seminarium włocławskiego, gdzie został mianowany profesorem filozofii, socjologii i pedagogiki. Powierzono mu też funkcję wicerektora, którą sprawował do roku 1905. Z krótką przerwą kierował seminarium do 1914 r. (od roku, 1908 jako rektor). Obejmując swą funkcję szybko dał do zrozumienia, że nie zamierza ograniczyć się jedynie do spokojnego urzędowania. Zreformował system nauczania w seminarium oraz założył cieszące się do dziś znakomitą renomą czasopismo teologiczno-naukowe „Ateneum Kapłańskie”. Periodyk, w którym poruszano szerokie spektrum zagadnień, miał być skierowany do szerokiego grona inteligencji polskiej. Radziszewski postulował: „miesięcznik (…) ma być poświęcony wszystkim działom nauki (…)”, stąd też przedstawiano w nim wyniki badań filozoficznych, teologicznych, społecznych, prawnych i humanistycznych.

W lutym 1914 r. Idzi Radziszewski został rektorem Rzymskokatolickiej Akademii Duchownej w Petersburgu. Powstała ona w 1842 roku po przeniesieniu do Petersburga z Wilna tamtejszej Akademii Duchownej, utworzonej na bazie Wydziału Teologicznego zlikwidowanego, w ramach represji po powstaniu listopadowym w roku 1832 Uniwersytetu Wileńskiego. Działająca w stolicy prawosławnego imperium rosyjskich carów, z trudem tolerującym istnienie innych wyznań, mimo wielu negatywnych czynników utrudniających czy nawet zniekształcających jej działalność (nadzór i kontrola urzędników cesarskich, cenzura), jako instytucji tak naukowej jak i kościelnej, zachowała swój kościelny charakter. Skupiała światłych profesorów i wychowywała wybitnych absolwentów świetnie rozumiejących swe eklezjalne powołanie i rolę Kościoła na ziemiach zaboru pozostającego od roku 1772 w sferze dominacji rosyjskiej.

Nominację na stanowisko rektora Akademii Idzi Radziszewski odebrał z rąk metropolity mohylewskiego, arcybiskupa Wincentego Kluczyńskiego. Pracując w ówczesnej stolicy rosyjskiego imperium ponownie zadziwił otoczenie łatwością, z jaką udawało mu się połączyć obowiązki administracyjne z pracą naukową. Już na początku kadencji zaczął wprowadzać w Akademii konsekwentne zmiany, których ukoronowaniem stało się ogłoszenie w roku 1915 nowego statutu Uczelni. W marcu 1917 r. w uznaniu prac z zakresu teologii oraz filozofii chrześcijańskiej, profesorowie Akademii opowiedzieli się za przyznaniem mu stopnia doktora teologii.

Skutki Wielkiej Wojny, która dokonała ogromnego spustoszenia na wielu obszarach życia społecznego, szczególnie dotknęły Petersburg. Dopełnieniem tragedii stał się wybuch rewolucji bolszewickiej w Rosji. Duchowni skoncentrowani wokół Akademii Duchownej znaleźli się w niezwykle trudnym położeniu. Rosyjską Polonię animowała jednak coraz wyraźniejsza wizja wskrzeszenia utraconej przed stu dwudziestu trzema latami ojczyzny. Radziszewski, podobnie jak wielu jego rodaków, postanowił wrócić. W pozostawionych zapiskach następująco relacjonował tamte wydarzenia: „W lipcu 1918 r., gdy się okazało, iż jest rzeczą niemożliwą dalsze funkcjonowanie zakładu (Akademii Duchownej) pod rządami bolszewickimi, po uregulowaniu, o ile to było wykonalne w tych okropnych warunkach spraw Akademii, opuściłem Petersburg i przyjechawszy do kraju, zająłem się organizowaniem Uniwersytetu Lubelskiego (…)”.

Kilka miesięcy wcześniej, przebywając jeszcze w mieście nad Newą, odbył serię rozmów z dwoma niezwykle wpływowymi członkami polskiej diaspory w Rosji: Karolem Jaroszyńskim oraz Franciszkiem Skąpskim. Pierwszy, genialny finansista i potentat przemysłu cukrowniczego, należał do ówczesnej finansjery. Zbiwszy ogromny majątek na grach losowych i udanych inwestycjach, potrafił go z powodzeniem pomnażać. Drugi zasłynął jako zdolny inżynier oraz utalentowany społecznik i aktywista. Właśnie podczas spotkań tej niezwykłej trójki narodziła się idea powołania do życia uczelni, która miałaby charakter korporacji uniwersyteckiej o profilu katolickim, z siedzibą w Lublinie. Wszyscy trzej głęboko wierzyli, że spełnienie ich zamysłu przyniesie niewymierny pożytek dla odradzającej się, nie bez trudności, suwerennej Polski. Radziszewski wielokrotnie podkreślał rolę oświaty, stanowiącej - jego zdaniem - najszlachetniejszy wyznacznik tych korzyści. Postulował otwieranie na rodzimym terytorium szkół wszystkich szczebli, wyraźnie akcentując, że najwyższą formą kształcenia jest uniwersytet. Na progu odradzania się państwa polskiego, argumentował, jedynie przez rozwój nauki, Polska mogła stosunkowo szybko znaleźć się w kręgu państw należących do kultury europejskiej.

Przejście od słów do czynów nastąpiło błyskawicznie. W krótkim czasie w Petersburgu powołano Komitet Organizacyjny, w skład którego, poza Radziszewskim, Jaroszyńskim i Skąpskim, wszedł także ks. Czesław Falkowski, wykładowca Akademii. Zadaniem nowego ciała była doraźna pomoc w organizowaniu uczelni, począwszy od znalezienia stosownej siedziby, przez skompletowanie kadry naukowej i księgozbioru, aż po opracowanie przepisów wewnętrznych i zagwarantowanie jej odpowiedniego statusu prawnego na zewnątrz. Naturalnie, kwestą newralgiczną stało się zapewnienie uczelni stałych źródeł finansowania oraz utrzymanie płynności finansowej. Z ostatnim wyzwaniem postanowili się zmierzyć Jaroszyński i Skąpski.