Potem była matura w 1951 r. Oprócz ogólnej trzeba było zdać też narzuconą siłą tzw. maturę pedagogiczną i przyjąć nakaz pracy w zawodzie nauczycielskim. Uczniowi, który do niej by nie przystąpił, grożono zatrzymaniem normalnego świadectwa maturalnego. Kłopotowi zaradził mąż jego siostry Wandy, który był chirurgiem. W dniu tego egzaminu położył go w szpitalu i wyciął ślepą kiszkę. W ten sposób jako jedyny z klasy został bez „pedagogicznych kwalifikacji”.

W okresie przedmaturalnym marzył o tym, by studiować coś, co będzie użyteczne do walki z komunizmem. Odpowiedź narzucała się sama: filozofia. Ale gdzie? W domu prenumerowany był "Tygodnik Powszechny", więc wiedział o istnieniu takiego kierunku w Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Wszędzie indziej wtłaczano marksizm. Po zdaniu matury zaproponowano mu stypendium na jakieś studia techniczne w Moskwie. Jego matka, gdy się o tym dowiedziała, powiedziała: „Jurek tam nie pojedzie. Wolę, żeby tłukł kamienie na szosie, niż gdyby miał tam stracić wiarę”. Zresztą on sam nie wyobrażał sobie takiego rozwiązania. Myśl o kapłaństwie pojawiła się nagle i to w nieoczekiwanych okolicznościach. Tańcząc z koleżanką na uczniowskim spotkaniu towarzyskim powiedział jej nagle: „Wiesz, Celinko, ja chyba zostanę księdzem”. Od tej pory ta opcja coraz natarczywiej przebijała się do jego świadomości. Gdy zwierzył się ze swoich myśli proboszczowi, ten ucieszył się i skierował go do Wyższego Seminarium Duchownego w Lublinie.

Lublin wyglądał wówczas zupełnie inaczej, a w seminarium panował tzw. styl rzymski.

- Polegał on na tym, że kleryk jest zawsze poważny i - dla przykładu - nawet latem nosi z sobą kapelusz. Idąc w upał do katedry, też musieliśmy go mieć w ręku. - Dla mnie było to sztuczne. Młodzi klerycy mieli już trochę inne podejście do życia i był nawet moment, kiedy mój pobyt w seminarium wisiał na włosku - wspomina.

Święcenia kapłańskie ks. Antoni przyjął 22 grudnia 1956 r., ale już od października, jeszcze jako diakon, rozpoczął studia na KUL-u. Była to najpierw biologia, bowiem na fali odwilży popaździernikowej planowano utworzenie wydziału przyrodniczego. Gdy po dwu latach władze komunistyczne nie zgodziły się na to, uczelnia powołała specjalizację filozofii przyrody. Pod kierunkiem ks. prof. Kazimierza Kłósaka napisał pracę na temat telefinalizmu w biologii w poglądach filozofującego biologa francuskiego Pierre Lecomte du Noüy, w oparciu o którą uzyskał w 1962 r. tytuł magistra filozofii. Został wówczas asystentem przy katedrze botaniki kierowanej przez prof. Teresę Rylską. Objął także wykłady z zakresu teodycei i filozofii przyrody w Wyższym Seminarium Duchownym w Lublinie. W pierwszej połowie lat 70. przebywał na stypendium naukowym w Wiedniu, a później w Kolonii. Władze państwowe nie zgodziły się na przedłużenie jego paszportu, więc po dwóch latach wrócił do Kraju. Nie rezygnując z pracy naukowej, poświęcił się duszpasterstwu.