W 1976 r. zostaje najpierw proboszczem w Matczynie, nie przestając prowadzić zajęć z zakresu filozofii biologii na KUL-u, a w 1981 r. obejmuje probostwo w parafii św. Teresy od Dzieciątka Jezus w Lublinie i podejmuje pierwsze prace nad organizacją parafii Miłosierdzia Bożego na Osiedlu Nałkowskich. Po dwóch latach zostaje tam proboszczem, wznosząc tymczasową kaplicę i przygotowując plany przyszłej świątyni. Trudno mu było jednak łączyć pracę naukową z obowiązkami budowniczego nowego kościoła, więc przyjmuje propozycję swego ordynariusza i obejmuje w 1985 r. probostwo w Parafii Wniebowzięcia NMP w Puławach. - Rozpoczął się niezwykle ciekawy czas w moim życiu. Od razu spotkałem wielu wspaniałych ludzi, którzy wspomagali mnie we wszystkich sprawach, którymi musiałem się zająć - mówi ks. Antoni.  Najpierw była troska o to, by duszpasterstwo nie ograniczało się tylko do odprawiania nabożeństw. Opiekował się więc wspólnotami neokatechumenalnymi, Bractwem Trzeźwości, Schroniskiem dla Bezdomnych i Caritasem, który dzięki wielce zaangażowanemu kierownictwu prof. Marii Ruszkowskiej rozwinął intensywną działalność niosąc pomoc najuboższym także spoza parafii. W trakcie prac II synodu diecezjalnego zorganizowały się zespoły tematyczne, zastanawiające się nad podjętą przez niego problematyką. Brało w nim udział przez dłuższy czas ponad sto osób. Duża grupa inteligencji, nawiązując do przedwojennego „Odrodzenia”, odbywała, pod kierownictwem dra Edwarda Ślusarczyka i z udziałem proboszcza, systematyczne spotkania poświęcone analizowaniu dokumentów Magisterium Kościoła. Organizowane były Tygodnie Kultury Chrześcijańskiej. Drugi obszar prac to troska o świątynię parafialną, która była w opłakanym stanie. Rozpoczęto więc prace nad rewitalizacją tego zabytku. Stan wojenny był już wprawdzie zniesiony, ale opresyjny reżim trwał. Parafia stała się więc miejscem działalności opozycyjnej. Odbywały się częste spotkania z ze znanymi przedstawicielami opozycji, na które przychodziły setki ludzi. W ich organizacji ogromną rolę odgrywała p. Izabela Bronikowska. UB groziło księdzu proboszczowi, że to wszystko źle się dla niego skończy.

Zadaniem, wykraczające poza granice parafialne, jakie sobie ks. Antoni wyznaczył, było odnowienie więzów Rodu Czartoryskich z Puławami.

- Przecież cała substancja kulturowa, którą chlubi się to miasto, jest ich dziełem. Po powstaniu listopadowym związki te zostały brutalnie przerwane. Rozproszeni niemal po całym świecie członkowie tej rodziny nie czuli się już emocjonalnie z tym miejscem związani, a dla jego mieszkańców z kolei byli oni już jakimś mglistym wspomnieniem - mówi ks. Antoni. Udało mu się jednak, z okazji 70-lecia parafii, z pomocą profesorów KUL-u i Uniwersytetu Warszawskiego, zorganizować w październiku 1989 r. światowy zjazd członków tego Rodu. Puławy gościły ich przez trzy dni. Istotnym elementem tego wydarzenia było dwudniowe sympozjum naukowe poświęcone religijno-kościelnym dziejom tej książęcej rodziny. Prelegentami byli najwybitniejsi w Polsce znawcy tej problematyki. Obrady, przy udziale licznych słuchaczy, odbywały się pomieszczeniach pałacowych udostępnionych na ten czas przez IUNG. Tak uroczyście odnowione więzy Czartoryskich z Puławami trwają do dziś.

Trudno wymienić wszystkie wydarzenia tamtego czasu, ale jednego nie można pominąć. Chodzi o wzniesiony na Skwerze Niepodległości monumentalny, poświęcony jesienią 2002 roku, granitowy krzyż upamiętniający Jubileusz Dwutysiąclecia Chrześcijaństwa. W dziele tym główną rolę odegrał społeczny komitet, który zorganizowała Maria Skóra.

Ks. Antoni w Puławach pracował do emerytury, na którą przeszedł w 2003 r. W tym roku puławianie postanowili szczególnie podziękować ks. Antoniemu Czyżewskiemu, przyznając mu honorowe obywatelstwo miasta Puławy.